Presence

by Zeppet Store

2007.12.30

仕事納められてない状態で書くのもなんだなぁ、と思ったけど、今年も残すところあと24時間をきったので、２００７年の総括を。

今年は結構色々なところに行った気がする。桜の季節は河津からのフルコースで鶴岡まで。秋田にも行った。学会ではウィーンを満喫した。西日本は三都物語と、初秋の京都、一週間かけた四国一周。そしてもちろん、なんといっても今年の目玉は誕生日に広島に行って平和祈念式典に参加できたこと。人生の目標の一つを、ようやく叶えることができた。

車は走行距離10万kmを超え、家のエアコンが新しくなり、iPod touchの購入によってライフスタイルが変わった。いろんな人の結婚式があった。懐かしい友と久しぶりに会う機会もたくさん作れた気がする。ワインと料理を楽しんでみて、結果的に支出を減らせたり。

仕事で言えば、今年の最初はまだMGSPが続いていて、１月には合宿があったりもした。結局、コレスポ３本（うちMGSP2本）を通して、自分の双子論文も結構エグったけれど通した。そして、４月から一応初の就職。慣れないながらも、なんとかゼミ担当はこなせるようになったと思う。４月は新しい仕事に慣れるのに加え、IABのウェブページ改革もした。あまり大手を振ってありがたがれる仕事ではない（インフラなので）ではないが、新デザインと新しいコンテンツはアクセスを見ればやった意義は明らかだ。そして初の一年生向け授業。試行錯誤してちょっと斬新（笑）なカリキュラムにしてみたけれど、成功したと思える手応えはあった。

研究費の申請と科研費ゲット、いくつか新規共同研究の開始、本の出版、執筆、GenomeProjectorの開発、論文投稿。E-Cell 3DはISMBで期待通りの大反響だった。アップルストアでの第七回オープンバイオ研究会の開催。複雑系、人工生命、次世代シーケンサー関連のセミナー自腹参加、そして、地味にかなり進んだG-language GAEの開発。プロジェクト「改」。

こうやってみると、「研究」というよりも研究周辺のことに多く注力し、それらにおいては比較的充実して成功してきた一年だったのかもしれない。ただ、かなり勉強や下準備的なことは積み上がってきた。１２月の学会ラッシュで気づかされることが多かったし、来年はアクセルを踏まないといけない。

来年は、Hackerthon周辺でいまのところ唯一未実装なMarchをプロトタイプ化して、G-language GAE v.2のリリースを目指したい。プロジェクト「改」も早々にプロトタイプを完成させ、僕の持ってるリソースを、全部繋げて行きたい。「完成系」のビジョンはアドバイジーには伝わってきた感覚もあるし。そしてTDPやKMPと合わせて主軸にしつつ、ChiとCGPあたりを形にしていきたい。今から抱負を言うのもなんだが、余裕が持てるだけの自信をつかみ取りにいく。

結局仕事は年持ち越し決定だし、来年も気合、だな。

Strong Enough

by Sheryl Crow

2007.12.28

Netscapeの開発がついに終了。有料版の時代からv.4.8までの間Netscapeを使っていた身として、もはやNetscapeを数年間見てすらいないとはいえ、寂しさを感じる。1996年にそれまでずっと使っていたMagellanというサーチエンジン（多分知ってる人の方が少ないんだろうけど）がExciteに買収されて無くなったとき以来の、ネット関連の喪失感。まぁ、こうして時代ってのは移り行くもの。正統な後継者であるMozillaはFirefoxとしてシェアを上げているし。

体調が悪くて、天気も悪くて、ぜんぜんやる気が起きない。はぁ。

Merry Christmas Mr.Lawrence

by 坂本龍一

2007.12.25

ホリデーシーズン満喫中、、、とばかりもいってはいられないのだけれど。論文、、、。

もう１０年ほど神奈川に暮らして、何度も訪れる桜木町。この街は、海から眺めるのが一番綺麗だと思う。

しかし、シナリオ通りとはいえ、食事を済ませたあとにウェイターが「お客様、船のご用意ができております」と来たのはちょっと萌えた（笑）庶民なわたくしにはなかなかそういう台詞を言われる機会もないものですから。

毎年、一年の終わりにその年を頑張りきったご褒美として、幸せを満喫する時間があるのはありがたいことだと思う。

O.V.E.

by Arakawa Rap Brothers

2007.12.20

分生、E-Cell Workshop、JSBiとたて続けに発表ありの学会ラッシュで結構疲れた。その間一応論文も書いていたし。現在6500ワード。あと3.5ページくらいなんだが、、、。Review論文キライだ〜（T−T）来月のAPBC2008はもうちょい気軽に学会（＋α）を楽しみたい。京都の方、参加する方、遊んで下さい：）

でも、なかなか自分の立ち位置を見直す意味ではいい機会には恵まれた。どうやら僕の今のHPは1000をようやく超えたらしい。そして、レベル３の魔法（ファイラとか）まではだいたい使えるらしい。装備はミスリル系とか。なんか、そろそろ戦えるな。

相変わらず自分をうまく使えていなくて、考えていることに身体が全然ついていかない。まぁでも逆になってしまったら学者としては死を意味するのだし、どんどん面白いことが思いつくのはいいことなんだろう。要は、片付けと同じで捨てる事を真剣に考える事。

聞く人が聞いたら怒られそうだけど、（ウェットな）実験の計画ってすごくプログラミングに似ていると思う。目に見えない抽象的な概念の集合をこねくり回して最適化してフォローアップして理詰めで解く。細かいインプリに関しては手を動かした経験とカンがクリティカルに効く。ただ、眼さえ持っていれば現場をつぶさに見てプロセスとボトルネックを知れば実際に手を動かさなくても想像できる気がする。いずれにしても、現場にいることがクリティカル。はい、そうなんですよ。

最近しばらくずっと抜け出せなかった状態を抜けつつある。そう、本気で望めばこの世に、いや、自分に、不可能なことや限界なんて何もない。ある意味、このきっかけをくれた彼に感謝。

中程度のミスとトラブル続きはなかなか抜けないが、踏ん張りどころだ。けっこうピンチなんだろうけど、挽回できるはずだと自分の力を無根拠に信じてみよう。

#ワインぶどうPinot Noirのゲノムが解読！サンジョベーゼも是非誰か読んでくれ！

オーバーフロー

2007.12.16

分生が終わって、最高に懐かしい仲間達との望年会も終わり、E-Cell Workshopも終わった。でももう今年もあとわずかで、明日からはまたJSBi。どうもたまった疲労と仕事の山がオーバーフロー気味。まずい。本気でまずい。

論文はReject and resubmitで帰ってきた。うげ（T−T）
Editorはともかく、reviewerの指摘は非常にもっともでありがたいのだけれど。このジャーナルのEditorはなんでこうなんだろう、、、。

優先順位を整理して、捨てるものは捨てないとやっていけない。なんでも一人でやってしまう今のスタイルに問題があるのも確かだけれど、キャパシティ以上のプロジェクトがあるのも問題。もちろん、そんな中でも学生が主体で動いてくれているプロジェクトもあるわけだし、恵まれてますけど。今年度中に、取捨選択をして、終わらせるものは終わらせ、そうでないものは本当に捨てよう。

Affirmation

by Savage Garden

2007.12.13

なんかバイオインフォマティシャンのblogを見るに、分生３日目はそういう日らしいんだが（笑）僕も例にもれず論文執筆のため職場へ。

とりあえず、今年分のインスピレーションはもうもらった。くだらないことに使う時間はない。面白いことをやろう。そのためには、このくだらない仕事をさっさと片付けよう。

スイスがシステムバイオロジープロジェクトSystemXに世界最大級の２００万フランの予算。外国には行きたくないとずっと周りに言っているし、その意志は変わらないが、スイスは僕にとって母国のようなものなので、「外国」には当てはまらない。やっぱり次の就職先としてスイスは検討する価値がある。もちろん、システムバイオロジーをやるのがいいのかはまだ良く考える必要があるけど。

悲しみロックフェスティバル

by スネオヘアー

2007.12.11

はっきりいって、論文書くのはキライだ。研究やって手を動かしていた方がよっぽど楽しいし、研究論文だって書く頃には既に興味は先に行っていて、書くべき内容は自分の中ではもう古い。ましてやReviewなんて古すぎて興味が持てない。だから筆がのらない。

でもさすがにこれ以上放置できなくて、論文で散らかる机。これぞ執筆モード。でも音楽に気をとられないで聞けるくらい集中してきた。今日はたったの７００ワードしか書けなかったけど、、、。現在３０００ワード、あとこの倍くらいだろうか。

まだかろうじて二十代なんだけど、最近はじめて記憶力の低下（入れる方じゃなくて取り出す方）を初めて感じるようになった。いまのところ気合で無理矢理思い出すようにしてるけど、焦る。これからこんなの加速するだけだろうし。たぶん、外部記憶に頼っちゃいけない。根拠はないけど何かがそう囁く。

LeopardでEndNote9のPubMed Connectionにバグがある。数に限らず一番最後のエントリが取得できない。つまりヒット一件だととってこれない。結構イラつく。あとはMathType 5の挙動が不安定。数式が多いPaper書いてるだけに困る。誰か解決方法知ってたらおせーて。EndNote X1買えって？

過去に彷徨って、捕われて、結局そこに強い声がなければ。だからそこで泣いたんだ。

明日から分生。いつ執筆すっかなぁ〜。

P

by Spitz

2007.12.09

某ジャーナルとのやりとりで何となく学んだ気がする。優れたインタフェースデザイン（もちろん本来はインタフェースに限らないのだけれど）はシンプルだ。こういったUIを持つソフトウェアは「簡単」に使えるし、「単純」な操作で扱う事ができる。

MacOSに慣れ親しんでいるか、『デザイン』に関する素養がある人は、そういったUIを見た時にすごい、と思えるだろう。でも、世の中の大多数は『デザイン』を考慮しない人たちで構成されていて、よって、「多機能」であるということイコール「複雑」なインタフェースで、むしろ『デザイン』と対局にあると意識している気がする。つまり、『デザイン』に優れたUIを持つソフトウェアは入力系統が良く考えられていてミニマルだし、出力やUIのデザインが綺麗でシンプルだ。これらのソフトウェアを『デザイン』に素養がない人が見ると、『玩具』のように見えてしまうのだろう。そうすると、優れたUIを持つ多機能ソフトウェアよりも、デザインが悪く入出力が煩雑だけれど「複雑」で機能も限定的なソフトウェアの方が採択されるのではないか。

この問題の解決方法としては、要は『デザイン』に素養がないから勘違いしている人を満足させればいいので、機能の一つ一つを網羅したドキュメントやギャラリーのオンパレードなど、死ぬほどたくさん入力系統と出力系統があることを示し、ボリューム感と複雑感にうったえればいい。

というわけで、次回試してみよう：）

プリズム

by 池田綾子

2007.12.08

電脳コイル全２６話を見終える。いやー、勧められたとおりに非常に面白かった。前半のテンポと、登場人物のトロさにちょっとイラっとすることはあったけれど、なんせ主要キャラは小学生なんだから仕方がない。後半のたたみかけるような展開は秀逸。設定はさすがにキッズアニメで、ところどころsuspension of disbeliefをしないといけないけれど、ストーリー自体は良く考えられている。

最近、といってもここ数ヶ月、中程度のミスが多い。まずいなぁ。

そして身体が重い。運動不足と、メリハリの欠如だな。とりあえず、年内のタスクを死にものぐるいで。

やさしいうた

by スネオヘアー

2007.12.04

Artificial Life、複雑ネットワーク科学、それからシステムバイオロジーの立ち位置とその美味しいとこどりに関してもうちょい深く議論したかったけれど、今日のコロキアムは面白かった。学生相手だとどうしても絶対的な知識量の差があって、幅広い分野の専門用語を使いながら議論できない。研究に直結するところはそれなりに良く知っている学生もいるけれど、なかなか幅広い科学の分野でどういう試みが積み重ねられてきたかをちゃんと勉強している人は少ない。まぁ、僕も全然勉強は足りなすぎるのは日々痛感するけれども。学者なんだから、やっぱりどうしても本だけは読み続けないといけない。

さて、最近壊れまくる僕の周辺のコンピュータたち。Mac Proのグラボがぶっとんで、RAIDのコントローラーがイカれ、Cinema Displayのアダプタが死亡。MacBookのバッテリーとMacBook Proの電源アダプタ、FON AP、などなど。おっかしいなぁ、愛はあるんだけどなぁ、、、。

というわけで壊れたRAID5からのデータ復旧（ハードはアウトだが、データは100%復帰した）、ディスプレイ修理の手配、などなど。とんだ時間ロスだ。

iTouchとLeopardを手に入れてから、世界が変わった。ウェアラブルコンピュータって、こういうことなんだな。言葉で説明しにくいけど、ウェブページやWikipediaなどのインターネットにある知識が「外部記憶」として瞬時にアクセスできて活用できるし、メールなどのプッシュ型情報もユビキタスに存在する。家やラボの数カ所のiSightカメラへのアクセスはある意味で視覚っていう身体性の拡張になるし、なんか「考え方」や「概念」が変わる。やっぱり意識と身体（拡張されたものを含めて）っていうのは不可分なんだろう。家、車、職場でシームレスに使える環境を作ったから、結構電脳化っぽいなぁ（笑）

チェリー

by POLYSICS

2007.12.02

今日は変電設備保守点検日で停電なので、朝から買い物など。横浜でそごうに行き、港北でIKEAに。家具は買わずに食事と食材の購入。しっかし日曜はどこも混むなぁ。

ゲノムはここまで解明された。「２時間で知るゲノム研究の現在」とあるが、確かに現状を結構よくまとめていると思う。2007年３月末発行なのでまだタイムリーだけれど、数年経つとすぐに古い内容になってしまいそうなので、読む予定や興味がある方はお早めにどうぞ。この分野、やっぱりこういう風に賞味期限が見えてしまうくらい変化が激しい。その中にいるものとしては、的確に未来を予測しつつ動く必要がある。特にバイオインフォマティクスは「データ」を出発点とするだけあって、技術にふりまわされがちだ。例えば次世代シーケンス法でマイクロアレーがもはや使われなくなったとしたら、そこの技術を持っていても意味がなくなってしまうし。ORF予測もかたっぱしからcDNAを読めばいらないし、アノテーションも配列数が今の１万倍とかになればまた変わったやり方ができるはず。