ROCKs

by 大黒摩季

2008.02.27

というわけで鶴岡へ。これからしばらくこっち。なーんか、ほんといろんな理由でこの土地には馴染めない。でもしばらくこっち。もつのかしら？

風邪がだいぶ悪くなってきてちょっとフラフラ。良くこの状況で仕事できてると思うよ。昔の持病の関係で、これくらいの熱だと大したこと無いと感じてしまうのが、ある意味便利で、ある意味よくないんだろう。

不良債権をまずはなんとか。久しぶりで懐かしいこの歌調子いいなぁ。昔はそんなに好きじゃなかったけれど、歳月って不思議なもんだ。

さくら

by ケツメイシ

2008.02.23

毎年恒例、河津桜。今年は比較的冬が寒かったし雪も何度か降った。その影響か、この時期でもまだ５分咲きといったかんじ。温泉後の食事中に大雨が降った時はどうなるかと思ったけど、そこは晴れ男。河津では風は強かったものの、花見日和でした。いろいろつまみ食いしながら明るいうちの花見を楽しみ、天城峠へ。

が、ここで大誤算。そして今年もキーマカレーならず。残念無念。来年こそはぜったいに食ってやる。でもあまりに名残惜しくて、小田原でインド料理の店を探し、本場のキーマカレーを食す。これはこれでうまかった。まぁ、こういう偶然の出会いがあるのが日帰りとはいえ小さい旅の楽しみ。

最近なんだか妙に人生に満足してしまって、きっとある意味病んでいるっていうことなんだろうけど、あんまり心残りなくいつ死んでもいいんじゃないか、と思ってしまうところがある。まぁ、でも、来年キーマカレー食うまでは死ねないなぁ。そういうもんなんだろう。

エディソン・チャン スキャンダル

2008.02.23

このニュース、現地では結構すごい話題になっていて（まぁそりゃそうか）、流出した画像の一部が現地のタブロイドにでていた。日本に帰ってきてから流出画像を一部入手してみたけれど、うん、これはヤバイね。ぜんぜん「裸の写真」なんてもんじゃない。

女優側もビッグなので、損害賠償請求したら一人当たり数十億でも全然足りないんじゃないだろうか。日本で同じ事が起きたら、と思うと本当にかなり信じがたいスキャンダルだ。（というか、栗山千明の名前があがっているが。）この件で、Cecilia Cheungはそもそも不倫がバレて子供のDNA鑑定騒ぎにまでなっているし、Gillian Chungは婚約破棄されている。損害賠償請求してもおかしくない。

しかしねぇ、、、。データ見る方もそうだけど、そのままラップトップ修理に出すなよなぁ（＾＾；判明しているだけで１５人分。随分とコレクター趣味ですねぇ。

HEART STATION

by 宇多田ヒカル

2008.02.18

今、群青と琥珀をミックスしようとするそのパレットの上で、鮮やかな黒で描き出された木の枝の一本一本が、鮮明に東の空に踊る。夜明け前、まだ半分暗い中、浮かび上がろうとする太陽の光が見せる自然の芸術。幸運にも、早朝の首都高を東に飛ばしながら、僕はまたこの地球に生まれた喜びを感じる。でも、何気に、木よりも電車の鉄塔の方が映えるな、なんて思ったり。

Hackathonの途中、飲んだ後に議論している中で、ある人が、ウェブサービスの多くは、例えばNARのDB issueにリストされているデータベースの多くを見ても、クソみたいなものばかりだ、と切って捨てた。はっきりいって、彼は安易にそういう毒牙を見せる人ではないので、ここでそれだけ拾って話すのもフェアではないとは思うけど、これは端的言ってウェブサービスの、ひいてはバイオインフォマティクスソフトウェアの問題を良く表していると思う。

まず懺悔すると、僕は論文を生産するために意図的にNARのDB issueにすら載らないようなクズも生み出してきたわけで、そういう意味で科学的にはかなり罪深い。科学のコミュニティ的にはこういう例は少ないと信じたいところだが、残念ながら必ずしもそうではないだろうし、意図は素晴らしくとも、ユーザインタフェースや帯域などの問題によって実際は使い勝手が悪いサービスも数多くある。中の人を知っているケースが多いのでこれを言うのは心苦しいが敢えて恐れずに言えば、例えば、NCBI/EMBL/DDBJのようなメジャーサービスプロバイダーが提供するものの中でさえ、クソみたいなサービスは少ないながらもある。不都合な真実だが、これを現実としてスタートする必要はある。

たぶん、こういったサービスやツールの質と量の分布は純粋にポアソン分布なんだろう。数が十分に多く、その中で質が高いサービスは残念ながら低い。そういった、ある意味でロングテール的なコミュニティの中で、必要かついいツールに出会うために、amazonのようなDiscoverableなツールが大事だ。だから、（多大な改善は要するとは言え、）比較的少ない労力でサービスをDiscoverableにできるという意味でBioMOBYの存在は大きい。実際にMOBYでサービスの検索を行うと、これだけのツールがあることに驚かされる。（残念ながら、同時に使えないサービスの多さも）

今回のHackathonでG-language Projectが提供しようと考えたアプローチは、このロングテール的な、酷い言い方を続けるならゴミの山から使えるものを探すプロセスと、既に使いやすいDDBJ、NCBI、KEGGなどのサービスをより使いやすいインタフェースで提供するアプローチだ。MOBYで提供されているサービスもKEGGやDDBJのようにそうでないサービスも、G-languageの他の関数と同様にhelpコマンドで用意に検索・マニュアル閲覧ができて、かつ非常に簡単に統一的なインタフェースで使用することができる。まだ詰める部分はいろいろあるが、ほとんど全てのサービスが「クソ」だという認識に立つのなら、それを生かすために新たな策を講じるよりは（無駄な労力を使うよりは）、MOBYをその目的に使って、より使いやすい部分はまた別の方法を考えるべきだと思う。

そして、どうせ多くの場合はサービスを連携するとかいうよりも、特定のツールを使いたいがために利用することの方が遥かに多いはずなので、そこでの大規模データのやりとりや非同期通信などを考えた上で、基本的にはRESTのようにKeep It Simple and Stupidな原理で実装すべきだと思う。

で、こういうことをHackathonのwikiにも書きたいところなんだけど、さすがにMajority of current available web-services are, in an inconvenient reality, simply "crap" (or useless).とか言えないわけですよ。あ、こうなったら今回一緒にIABから参加した学生の彼にくぁwせdrftgyふじこlp

思うところ

2008.02.13

まぁ実は終わってない仕事はあってヤバイわけなんだが、そういうのを気にしないでハックできるHackathonは楽しい。そして、世界のトップレベルのバイオインフォマティシャンたちとディスカッションできるのが楽しい。

でも、自分のコミュニケーション能力、そして英語力の低さを痛感させられて、すんごい悔しい。高校のころ、短い期間とはいえ英語での議論能力が日本語を上回った時期もあったわけで、今の英語力の落ちぶりが悔しい。

このままじゃいけない。他にも学んだことはこの数日で多いけれど、何よりも、それを痛感できたことが、今回招待されて一番得るものが大きい。

BioHackathon2008

2008.02.13

毎日ハックしてます：）様子はこちら。

Real me

by 浜崎あゆみ

2008.02.06

今月の動ける平日が終わった。さて、予定は完全に破綻。本当に完全に破綻。切れるところが何一つない。さて、負けを最小限に食い止めるにはどうしたらいいか。打てる手が一つしかないけど、これを打つわけにいかないから、あそこに迷惑かけるしかないか、、、。

この調子だと、年度内にアレもアレもアレもアレも終わらない。やっぱこのやり方じゃ無理なのかなぁ？

この歌、そういえば浜崎にしては相当めずらしく英語歌詞使ってるなぁ。PV後半のダンスとその部分の衣装が好き。

Can You Keep A Secret?

by 宇多田ヒカル

2008.02.04

時差ボケと悪い体調。界王拳の反動症状。意識的に界王拳は使ってないんだけど、、、。状況を整理して立て直しの必要を感じたので、いったんブレーキ。取材を受けたり、気分を入れ換える。まずは体調を。

レベル１２でドムドーラまで行くも、悪魔の騎士を倒すには３〜４レベル足りないから魔法の鎧（４歩で１HP回復）に頼りつつガライの南でレベルアップする感じ＠ドラクエ１。って、分かる人いないかな（苦笑）

itoshiさんのところで知った萌える分子生物学、ならぬ「マンガでわかる分子生物学」。担当している１年生向けの授業で、初回までに読んできてもらう参考図書として使えるかと思って早速買って読んでみた。結論から言うと、内容は良く網羅できている。水分子の話から入り、フックのコルク観察による細胞発見で始まり、アミノ酸とタンパクと酵素、細胞の構造、細胞分裂、DNAの複製、転写、翻訳、遺伝子工学技術やiPS細胞までカバーしている（笑）著者の武村氏の苦労が伺える。基本的な内容を分かりやすく網羅するという意味では授業用参考図書として合格。今まで参考図書にしていたヒト遺伝子のしくみ (入門ビジュアルサイエンス)と選択できるようにしてもいいかも。

ただ、デニーズでの朝食後にコーヒー飲みながら読んでいて感じたのが、マンガだと早く読める分だけ重要な用語が頭に残らないこと。「酵素マン」とか「核内輸送マシン」の方が頭に残りそうでちょっと心配。いずれにしても、これを授業の参考図書にするのはちょっと冒険なので（SFCらしいとは思うんだけど）学習指導の先生と相談してみよう。

この傘をたためば

by 槇原敬之

2008.02.01

毒餃子事件だが、いつもの気分悪い感じを覚えずにいられない。

まず、重症者が明確に複数人複数箇所でいるのだから（とはいえ多くはノロウイルスを誤解したか、過剰反応だろう）大問題だし、例えば子供を持つ親の気持ちになれば、疑わしくは避けるべきだし、「中国産」というひとくくりで過剰防衛したくなる気持ちもよくわかるし、それを批判するつもりはない。

ただ、結論が時期早々だと思うのだ。パッケージに穴があいていた、という話もでてきているけれど、本当に「中国産」だから問題なのか結論がでていない。純粋な日本人ではない僕から見れば、中国産が悪いと決めつけ過剰反応するのは百歩譲ったとしても、そこから中国の人や国にまで過剰な反応が巻き起こっていることは狂気の沙汰にしか見えない。もちろん、食品の安全性などで中国が日本と比較して遅れている面はあるだろうが、それにしても日本人に植え付けられているこの中国に対する潜在的憎悪・嫌悪感、多くは明治から二次大戦終了までの間の教育によって植え付けられ、今権力を持っているその辺の世代とその子供の世代くらいが積極的に政治とメディアで広めているものだろうけれど、本当に恐ろしい。外国人として人生の大半を過ごしてきたから、この恐怖感はよくわかる。

人は人であって、国家ではない。だいたい、国民国家という概念は近代の産物で、たかだかここ１００年、長くて２００年くらいのものだ。なのに、こんなにも簡単に人は国家と人を結びつけて考えている。人間の視野は狭い。本当に優れた教育だけがその視野の狭さから人を解き放てると僕は信じているけれど、まだまだ現代の程度のレベルだとテレビというメディアが有効なくらい、ステレオタイプが好まれ、思考を停止して既存概念の上で思考をしてしまう。

全部恐怖に対する防御本能なんだろう。どこでもドアと翻訳コンニャクができたらいいと思う。世界中の人と、日常的に当たり前にふれあうようになったら、きっと気がつくはずなんだ。肌の色やすむ場所や宗教や文化が違ったって、みんな人間なんだと。みんな愛する人を持ち、嬉しい事があったら笑い、悲しい事があったら泣き、頑張って生きているんだと。

もちろん、良く調べた上で今回の件が中国政府の政策の甘さや、チェックの足りなさに起因するものかもしれない。それで判断が難しいから「中国産」を全部避けるようにするのも消費者として間違っていないだろう。でも無駄な偏見を、その土地に住む人にまで向けないで欲しい。

もしそれが難しかったら、アメリカ産だったら問題がどうなっていたか考えてもらいたい。過去に防カビ剤で大問題になったオレンジやレモン、全く根本的に問題解決していない狂牛病牛肉問題などなど、食に関する安全性に関して枚挙にいとまが無い。CIAは南米で暗殺をしまくり、大量破壊兵器が存在しないと分かりきった国で民間人の大量虐殺を行い、ベトナムでは枯れ葉剤で子供を奇形にしたり地雷で土地を不毛にしたりする悪の帝国だ。そこでアメリカ人を卑下し罵倒するだろうか。制度のや現状の問題点を指摘する事、改善を要求すること、その策を提示することは正しい。ただし、それによって偏見を向けるのは間違っているんじゃないか。

振り返って日本を冷静にみてみてはどうか。そんなに立派な国家だろうか。その結果として我々が卑下され差別され偏見を持たれるのはどうか。

一人一人の人生は限られている。マイナスなことに時間を割くより、どうしたらもっとよくなるかを考えようよ。

やば。

2008.02.01

2月になっちまった。鶴岡のクマムシセミナーも無事終わり、アドバイジーの卒論提出も無事終了。ある程度たまった予算会計とかの書類も終わった。が、まだいろいろあるなぁ。そして、例によって猛烈ビハインド。

EndNote 9でPubMedからの取得で最後のエントリがとれないバグ(on Leopard）があり、EndNoteの中の人に聞いたところ、アップデータが提供される予定はないらしい（ちなみに、なんとなく感じ悪かった）のでEndNote X1を買った。同時にMS Office 2008もライセンスが３つあって２万ちょいなので買ってみた。しかしOffice 2008にX1が未対応。がちょーん。これでX2売り始めたら結構ムカつくなぁ。最近EndNoteを使わない限りワープロソフトにPagesを使うようになって（校正機能が最新版で結構しっかりできてるので）、ますますEndNote用にしかWordを使わなくなった。X2がPagesに対応するなら買ってもいいんだけど、、、。

Office 2008はなんかインタフェースはちょっとは良くなったような気がしなくもないが、重さはあまり変わらないような。そして予想通り、テンプレートのセンスが一見するといいようでいて、ツメが甘くて相変わらずElvis Impersonatorになっている。革新しているようで、iWorkをよく研究しているようで、一貫して二流のセンスを貫けるマイクロソフトはすごい会社だと思う。どうやったら２０年間真似をし続けてその傾向を学べないんだろう。すごいの一言だ。

なんかコンピュータって不便だ。もっと使いやすい道具にならないかなぁ。

明らかにキャパオーバーな仕事を抱え込んでいるってことは、指摘されるまでもなく良くわかっている。不協和音もかなり聴こえてきた事だし、どれかを切らないといけないのかなぁ。やだなぁ。面白いことがいっぱいありすぎて困るよ。

もちろん、全部それは責任転嫁で、自分のレベルが足りないだけ。悔しすぎる。