空も飛べるはず

by Spitz

2009.07.30

最近はなんだかニュースもなかなかすごい。
・Yahoo!とMSが提携合意
・BMWが今季限りでF1撤退
・ミヒャエル＝シューマッハがマッサの代理でF1復帰
・サントリーとキリンが統合
そんでもって暑い！寝苦しいぞ。変な夢みるし。

butterfly swimmer

by school food punishment

2009.07.28

butterfly swimmer、発売されたのにまだiTunes Storeにあがらない、、、。買いたいのにもどかしい。仕方がないからendless youtubeで聴いている。右下のiTunesのリンクはyoutubeのプロモにはっています。やっぱりschool food punishmentいいよー。プロモもさすがに低予算だけどかっこいい。

今年の春学期の「ゲノム解析ワークショップ」は、初めてDの標語がなかった。つまり、数十人の履修者全員が最後まで出席し、グループワークと２回のプレゼンと５ページのレポートを書ききったということ。大学の授業としては奇蹟ともいえるんじゃないだろうか。明らかに平均的な他の授業よりも大変なはずなのに、これだけ学生全員が真面目に取り組んでくれるというのは授業担当者冥利に尽きる。本当にありがたい。SAの皆さんもおつかれさまでした：）

なんだろうな、ここ一ヶ月のいろいろな出来事で、自分がいろいろなことに気付くのが遅すぎて、もっといろいろな全てにappreciateするべきだったと反省することが多いけれど、きっと、２０代があと２週間弱で終わるというこの時期に出逢うべきイベントだったんだろうと思う。反省と、心からの感謝と。そういうものを次の１０年、少しずつ僕をこれまで生かし続けてきてくれた多くの人たちに、僅かでも返していけたらと思う。

yves論文をサブミット。まだ本当の仕事はこれからだけれど、ひとまずこの段階まできたことに乾杯しよう。よく頑張った。Oxford University Press、BMC系、Elsevier系が中心だったから、新しいジャーナルのサブミッションプロセスを覚えるのはなかなか新鮮。Cover Letterを書く技術ももうちょっと磨きたいなぁ。

ひぐらしが鳴く午後。なんだか梅雨に戻ったような天気が続いている。けれど、夏だ。

メロディー

by 玉置浩二

2009.07.22

祖父が他界した。享年87歳。去年体調を崩してからかなり痩せて覇気も弱まったものの、先月はまだ90までは生きる、と意気込みを見せていた。そんな祖父が、倒れてからはあっという間に逝ってしまった。祖母が見舞いにくるのを待っていたかのように。誰よりも、見舞いのつもりが葬式になってしまった祖母が驚いただろう。そして、辛いだろう。

どうしても憚られて、ついに一度も開く事がなかった祖父が自費出版した戦時中の曾祖父との手紙をまとめた本を、祖父が亡くなる前日に読んだ。わずか23歳の海軍将校だった祖父は、奄美大島で二度曾祖父母に宛てて玉砕覚悟の最後の手紙を送っている。そこから64年。祖父らしいいくつもの強運が味方をし、戦友たちが次々と特攻隊員として戦死していくなかで生き延び、だからこそ今僕がここにいる。

じいちゃん、今まで本当にありがとう。ばあちゃんを、どうか、天国から見守ってやってください。

先輩や親友の結婚式、身の回りのいろいろ、祖父の葬式、久しぶりの親戚一同。

もう、なんだか、言葉が奥からとめどなく溢れてくるのに、言葉がない。この７月はいったいどうしたんだろう。胸が、いっぱいだ。

サマークレイマー

by SNAPPERS

2009.07.15

嗚呼、夏だ。

おそらく最も発音が簡単であろうこの感嘆詞に、こんなにたいそうな漢字を充てる日本人ってすごい。

新しいKEGGのフォーマットに対応させて、査読を二本やったら一日が終わっていた。まぁでも去年は査読一本に一日かかっていたことを考えれば進歩かな。

気がついてみると、僕結構ヤバかったみたい。少しずつ取り戻して行こう。

抜けるように青い空がまぶしい。週末が待ち遠しい。

ああ、夏だ。

魔法のコトバ

by Spitz

2009.07.13

少し目が醒めた。そんな気がする。

ねぇ、カミサマ、また僕が大事なことを、本当に大事なことを、見失いそうになったら、申し訳ないけど、またこん棒で頭思いっきりぶん殴ってくれ。

暑くなりはじめた初夏の午後、ただひたすらあの角でぼんやり座りながら、考えれば考えるほど、一つのことしか考えられなかった。数時間前までわからなかったけど、今ならわかる。それは、そういうことなんだと。そして、今ならできる気がする。

ウエディング・ソング

by 斎藤和義

2009.07.11

金曜はゲノム解析ワークショップの最終発表。毎年毎年、僕が教えたことの何倍もの成果で学生が驚かせてくれる。そして、徐々にレベルも上がって行っている気がする。ほんと、ここまでやってくれると授業担当者冥利に尽きるよ：）おつかれさま。

直後羽田に向かい、一路富山へ。小学校以来の親友の結婚式で前入り。ネットでちょっと調べてワインバー クラレットへ。マスターも気さくでポムロールワイン談義で盛り上がる。翌日親友の結婚式だから、ピノが飲みたいといって出してくれたカリピノは、小ぶりの色鮮やかな花束、いうなれば大きめのピンクのリボンがついたブーケを連想させるいいワインだった。最後にはお土産までいただいてしまった：）

そして翌日（土曜）、結婚式。３人組のもう１人の親友と受付をなんとかこなし、あとはただ祝福を願う気持ちとともに、式を楽しむ。約２０年の付き合いだけれど、あらためて尊敬するよ。そして、やっぱり感慨深いなぁ。本当に、おめでとう。

さらに翌日（日曜）、東京に戻って、同僚であり１０年来の先輩でもある新郎の結婚式。違った意味で結婚ラッシュ（笑）はじめて主賓席に座った。教授の祝辞と準教授の乾杯の音頭を見ていて、僕もいずれそういう機会があるのかも、と思いながら、結婚式のスピーチの難しさを想像して目眩がした。プレゼン付の冨田研らしい結婚式。合唱やピアノの演奏など、才能豊かな友人が多いなぁ。おめでとうございます。末永くお幸せに。

Everything (It's you)

by Mr.Children

2009.07.08

JBrowseの論文でしっかりGenomeProjectorがけん制（アブストでも25%使ってる＾＾；）されているが、まぁレゾンデートルだし正論なのだけれど、補足をしておきたい。Google Maps APIがゲノムブラウザに向かないのは、端的に言ってしまえばゲノム情報が１次元だからである。（ちなみにGenome Projectorが目的としているものは所謂「ゲノムブラウザ」とは違う）ゲノム情報自体は基本的にY軸の情報をもたない。だからゲノムブラウザの遺伝子のボックスはどれだけズームしても高さは変わらないし、当然ある部位の遺伝子発現量なんかもズームレベルで変わるものではなく、横に広がるだけ。むしろ変わってしまっては困るわけだ。なので、ゲノムブラウザに求められるズームは一次元ズームであり、X軸だけのズーミングでないといけない。だからこそ逆にY軸を有効に使い、多数の「トラック」を置くことができるわけだ。

つまり、本質的に２次元の地図というものを扱うGoogle Maps APIはゲノムブラウザのズーミングには適さない。この点で言えば、座標系がユークリッド空間じゃないがGoogle Earthも同じく２次元的である。また、本質的に１次元的情報であるので、「ゲノムブラウザ」を構築する上で次元を増やすアプローチ（例えば3次元可視化）は直接的に有効ではない。（ちなみにgenoDiveは同様に比較的うまくこれにadoptしていて、3次元空間を使っていても１次元的にゲノム情報を見せている。）余談ついでに言えば、２次元的なTrack情報をレイヤーとしてスタックするような3次元化をしないと、ゲノム情報の有効な3次元可視化は難しいだろう。それも僕はExpose Spaces的な物が良いと思うが。そういう意味で、Genome Projectorの迅速な生物種の切り替えと、ビューのタブによる切り替え（さらに言えばオーバーレイ）は、レイヤーとしての3次元目（オミックスペース。オーバーレイはコンテキストを共有するので3.5次元か。）と4次元目（生物種）のスタックを実現している。

というわけで、サーバサイドで画像を用意しなければいけないからダメ、というSkinnerらの議論は反論としては適切ではない。実際、Google Maps APIを使っていても動的に画像をサーバサイドで提供するような実装はさほど難しくない。あくまで本質はこのゲノム情報の１次元性である。僕がGenome Projectorの真核生物への応用に乗り気でないのは（マシンスペックの問題もあるが）一番はここで、Genome Projectorの４つのビューのうち、Genome Mapビューが実は一番Google Maps APIに適さなく、逆に環状ゲノムやDNA Walkやパスウェイなどにこだわっているのはこれらが本質的に２次元情報だからである。あー、なんか、この辺ちゃんとレビューにでもまとめたいなぁ。どなたか依頼してください（笑）

Pathway Projector (こちらは僕は基本的に監督しているだけで、設計・実装はyvesがやっている）、Project CGR（未発表）などでGoogle Maps APIを活用している経験からゲノム情報での本質的に有効な二次元可視化はちょっとずつ掴みつつあるような気がしているが、まぁしっかり固めるためには１人であと2000km程度ドライブすることが必要かな。その上で実装方法を設計するのに1500km程度か。

友とコーヒーと嘘と胃袋

by Mr.Children

2009.07.07

時差ぼけ。そして、なんかいろいろテンパってるなぁ。75%は単純な理由。残り25%をなんとか。

予定で言うところの、６月頭の時点くらいまではタスクが片付いて来たかな。さぁ、頑張ろう。

ISMB/ECCB 2009

2009.07.03

大分proceedings, highlights track, technology trackの差がいい意味でハッキリしてきたと思う。やっぱり来年からずっとTechnology Trackには出し続けた方がいいなぁ。DBCLSも是非やったら良いと思うのだけれど。しかし、Technology Trackやや高いんだよね、、、。（１枠$400 for non-profit）

Student Councilで若手の会の紹介。しかし、、、皆さん若い＾＾；年齢はそんなに離れてないと思うんだけど、なんというか、エネルギーと希望にあふれている。比較して歳を感じるのは世の常とはいえ、嬉しい感慨ではないかなぁ。

ISMBのKeynoteはだんだんわけのわからない方向に進んで行く。今年のKeynoteは微妙なものが多かった。来年はECCBがベルギーでISMBがボストン。ISMBは行くとして、ECCBも是非行きたいなぁ。