ババロア

by Spitz

2009.09.26

休みボケからやっと復活してきた。自転車のメンテナンスに行ったら大分調子良くなったのも嬉しい。

週末返上かつ徹夜で研究費の申請を２本（別のネタ、別の研究助成）書き上げる。てやんでぃ。なんつーか、論文の書き方にしても（博士論文も含む）レフェリーのやり方にしても研究費申請の書き方にしても、基本的になーんも教えてくれないラボだったから自分で発見していくのはしんどいもんだ。その分今僕が見ている学生にはちゃんと教えてあげたいと強く思う。

結局論文書くのも研究費申請書くのも「研究」じゃないわけで、こういうのはクオリティは高くする必要があるけれど時間はかけない方がいい。というわけで、最近は申請金額の１０万分の１時間以上かけないルールを自分に課しているけれど、ここんところ３連敗。来月は科研費の申請もあるし、どうなることやら。少なくとも１つは取れて欲しい。っていうかとれないと死ぬ（T o T）

ま、なんだかんだで一日２エントリgaou.netにポストしちゃうくらい、正直しんどいんだが。

SPOKEY DOKEY

by 菅野よう子

2009.09.26

昨日紹介した論文ですが、雑誌のアクセスランキングトップになりました。いぇい：）ドルは久々の80円台。来週は日経平均が9000円台にワンタッチくらいはしそうだな。

さて、パンドラの匣を開けようか。

バイオインフォマティクスでウェブサービスが重要になってきていることはもちろん、その原因としてプラットフォーム非依存の相互運用性だったり、インストールやリソースが不要などの利点も今更言うまでもない。そろそろここで言っておきたいと思っているのは、（学会後などの飲み会ではたまに議論に出すことがあるけれど）開発者の観点から見た時のライセンスの曖昧さをどう捉えて行くか、という点。

一般的に、ソフトウェアはライセンスがかなり明示的に決められているのに対し、ウェブサービスに対しては（少なくともバイオ業界においては）思いっきりグレーだ。KEGG APIみたいに同一ページ内に明確にリンクがあるものは極めてレアで、EBIやNCBIみたいに自由に使っていい、と書いてあることすらあまりない。DDBJのWABIやTogoWSにも使用に関するライセンス的なものはみつけられない。

これはソフトウェア開発者としては案外喜ばしいことではあるのだけれど、不安な要素でもある。バイオインフォマティクスではいろいろなソフトウェアを組み合わせて研究するのが普通なので、その組み合わせた結果を当然公開したいわけだが、これが案外骨が折れる。データやソフトウェアの中には商用利用には別途ライセンス契約を結ぶ必要があるもの（例えばKEGG, FASTA, ClustalWなど）が案外多く、結果として自分が公開するソフウェアも使用しているデータやソフトウェアの最大公約数的ライセンスにするか、ユーザに個別に取得／インストールをしてもらう必要がでてくる。これは利便性の面で（データ／ソフトウェア提供者の当然の権利なので、仕方が無いとはいえ）あまり望ましい状況ではなかったりする。

しかし、ウェブサービスとなると話は変わってくる。例えばEBIは、ウェブサービスは誰でも自由に使っていい、と記している。この中にClustalWやFASTAが含まれているので、ウェブサービスを介して使用すれば、少なくともこれらのツールは「自由に」利用できる。また、「中の人」が関わっているのでおそらく簡単にライセンスを得られるのだろうが、KEGGのライセンスはKEGGウェブサイト、FTPサーバ、APIに関しては言及があるものの、それ以外に関しては言及がない。togoWS側にも特に言及がないため、togoWS経由でKEGG APIを利用すればいまのところライセンスはグレーだ。他にも例えばBioMOBYの「中の人」が作っているbioinfo.icapture.ubc.caドメインでWSDLが提供されているgetKeggPathwayAsGFFというサービスがあり、これをBioMOBYで使う場合のライセンスもグレーだ。究極的にはあるソフトウェアがTavernaエンジンを埋め込み、そこでmyExperimentのこのMOBYサービスを使うワークフローを呼び出し、それがMOBY経由でこのサービスを使ってKEGGにアクセスする、なんてこともできる。そもそもソフトウェアのライセンスはその利用と配布についてのもので、それを使ったサービスに関して言及しているライセンスは極めて稀であり（BLATのライセンスは例えば記載がある）、本来からこのへんはグレーゾーンである。一方、データに関してはウェブサービスでも再配布に当たると思われるため、おそらくgetKeggPathwayAsGFFはnoncommercial向けを明示しないとライセンス違反なのだろう。知っていてそれを使うのはリスクが大きい。

ここで言いたいことは決してライセンスをかいくぐるための裏道についてではなく、議論すべき点として２つある。

まず、相互運用性を考える上で、このようにウェブサービスのライセンスは実はかなり重要な問題だ。KNOBでは一時期二階堂さんがJavaのライセンスなどで収録するソフトウェア選択で大変そうだったが、ウェブサービスではかなり例外的に、少なくとも現状では、さまざまなソフトウェアを「自由」に利用できる。最初に述べたようにウェブサービスにおいては相互運用性が重要だが、プラットフォームの相互運用性だけでなく、ライセンスの曖昧さによる高い相互運用性があることは、意識しておく必要があると思う。

次に、データに関してはライセンスが及ぶ範囲がウェブサービスにまでかかるケースが多いと想定されるため、データの適用範囲を定める仕組みが必要だと思われる。主に計算資源の観点から、個別のサービス毎に認証設定を設けてワークフロー化する仕組みに関しては既にmyGrid/Tavernaプロジェクトが先行してシステムを作っているが、サービスプロバイダ側がどういう風にデータをサービスで公開するか、に関して、ある程度明確な土台を作って行かないと、最終的に相互運用性を確保するのが難しくなる。イメージとしては、クリエイティブコモンズのNoncommercialとかAttributionみたいな感じで、特記事項が加わるようなものがあるとやりやすいのではないか。

と、まぁ長ったらしく書いて来たが、このライセンスが曖昧なカルチャーは大事だと思うので、さっさと既成事実にすべく活用したキラーアプリ／サービスを作っちゃうべきなんじゃないかな、と思うわけですよ、はい。

明星

by トータス松本

2009.09.25

６月にヒマネタでやってたChaos Game Representationの論文がアクセプトされました。まだprovisionalですがよろしければご覧ください。

ずーっとこの曲取り上げようと思っていながらなかなか機会がなかったので今回使ってみる。いやぁ、ロックだよなぁ。トータス松本さん、ここまでレベル上がったか。すげぇよ。

Worlds end

by Mr.Children

2009.09.21

さて、こんなことネットのどこにでも書いてあることなんだけど、酒井さんの報道にウンザリ。押尾学の事件は人死んでるんだけど（隠したい繋がりがあるんでしょうねぇ）、とか、麻薬やってたの公言しているBeatlesのリマスター盤は歓迎する矛盾を考えたり。まぁでも「マスコミ」は「大衆伝達」であって、ジャーナリズムではないんだから当たり前なんだよね。

民主党政権、とりあえず後期高齢者医療制度と障害者自立支援法の廃止を明言しているのは評価できる。実際にちゃんと法制化するまで安心はできないが。最先端研究開発支援プログラム、2700億円を30人という、いろいろ内定に関して（いつもの、ではあるけど）よからぬ噂が飛び交っている予算も、予算というよりも人数や選考方法などを見直すと発言。是非こちらもしっかり見直してもらいたい。

なんか出張続きでちょっと疲れたかなぁ。体調が悪い。

捨てるのに胸が痛んでとっておいたケーキを 結局腐らせて捨てる
分かってる 期限付きなんだろう 大抵は何でも 永遠が聞いて呆れる
僕らはきっと試されてる どれくらいの強さで
明日を信じていけるのかを... 多分 そうだよ                           by 桜井和寿

Chapel of Love

by Elton John

2009.09.09

iTunesへのリンクがなかったのでYouTubeへ。

母艦のHDDがふっとんだ。バックアップは当然あるんだけど、復旧用のディスクがない上に、数TBのデータって移植が遅い、、、。仕事にならん、、、。

待ち時間が長くて暇なのでヨタ話でも。俺は神は信じていない。でも他人の神様は怖い。少なくとも多くの人が大事に思う神様ってのがいるわけなので、その人たちの思いを無下にはできないから、そういう神様は大事にしたい。それでもカミサマっぽいものっていうのはあるのかなぁ、と思う。

複雑系では単純な物理法則から「上層」の法則や組織化が「創発」される。逆に素粒子くらいまで細かく見ていくと、物理法則は「ランダム」な確率論や揺らぎから生まれる。この「ランダム」さを生み出す自然界の乱数発生器は、疑似乱数とまではいわないけれど、なんらかの「法則」を持っていて、それが「ラプラスの悪魔」なんじゃないかと思う。この物理法則にしばられた世界の中で有限時間内に解くことは不可能な「ラプラスの悪魔」とはいえ、自然界の乱数発生の「式」はいつか人類が解けるものだと「信じて」いる。前にも書いた事があると思うけど、これが僕の考える「神」だ。そういう意味で俺は決定論者、っていうのも前にどっかで書いたな。

なかなかコピーが終わらない。この"Ready to face the enemies?"っていう台詞、秀逸すぎると思う。久しぶりにこの映画が観たい。

正しい街

by 椎名林檎

2009.09.05

６月末から、鶴岡、ストックホルム、富山、蓼科、ドイツ、東北、つくば、草津、札幌と飛び回って、今静岡。さすがに財布的にキツイし、体力的にもなんだか疲れは溜まって来ている。んでもって、仕事が進まない。しばらく移動しないでゆっくり研究に打ち込みたいなぁ。

未来が見えるから、未来のために超えないといけない壁があと数枚。毒まで喰らって掴むよ。

Burn

by Deep Purple

2009.09.01

民主勝利による円高気味だけど、それ以上に最近の相場は完全に上海につられている。来年には日本を超えてGDPが二位になるはずの中国は当然成長市場で、落ち込んでいる合州国は現状仕方がないとして、人口減少している日本はもはや投資的には魅力がないわけだ。この状況をどうしていくかは日本の今後十年にとって結構重要な課題だ。

というわけで、民主が予想通りの圧勝。これに関しては寸評はいらんでしょ。保守二大政党で、超短期の目先の利益ぶら下げて勝手にやり合って下さい。まぁ、今まで一党独裁政治が少なくとも変わることは良いし、民主はかなりの寄せ集め集団なのでまともな議員はいるにはいるし、「マシ」ではあります。吉田茂を倒して自由民主党を作った鳩山一郎。その孫の麻生太郎が、同じく孫の鳩山由紀夫に負けて自民大敗となるあたり、日本は1955年から同じところをグルグルまわっているんだなぁという感慨を受けるが、ようはそういうこと。

今回は70％に近い投票率で、おかげで公明の議席を減らすことができた。減り続けていた共産・社民の議席が維持できた点はよかったが、共産党は党首討論が可能な10議席には届かず。社民は投票率が増えたにも関わらず得票数を大分減らしている。共産はやや増えたが、投票率の上昇ほどは増えていない。この辺は革新勢力としてはもっと頑張らないといけないことを示している。しかし、共産党の小選挙区の得票率は、小選挙区候補を大幅に減らしたにもかかわらず4.22%。比例では7.03%。現状の保守二大政党制では、こうやってどんどん革新勢力を潰して行ってしまう。95%が改憲・９条廃止勢力な今、いつでも平和憲法はなくなる可能性があるわけだ。

しっかし、うちの選挙区、新人の民主候補が小選挙区で甘利明にかっちゃうとは思わなかった。（比例復活しやがったけど）テレビ（マスコミ）っていうのは、本当に大量破壊兵器だね。

しばらく超短期の甘い餌合戦で選挙が進んで行くんだろう。でも、そういう中でちゃんと情報を得て、考えることができる市民が育って行くんだと思う。民主主義っていうのは有権者の高い教育と情報処理能力を要求する難しい制度だから、育って行くのは時間がかかるだろうけど、のんびり見守りつつ、僕はこれまで通り自分ができることをやっていこう。政治っていうのは、選挙だけではなく、日々行政をちゃんと監視し、提言・反対しながら、毎日営んで行くもの。

６月の終わりから出張だらけでちょっと仕事が全然進んでないけど、明日からまた学会。これで１段落なはずなので、とりあえず今週いっぱいしっかり頑張ろう。