Sugar!!

by フジファブリック

2009.12.30

 早いものでまた一年が終わろうとしている。あと24時間で2010年。今年を振り返ってみよう。

今年はBioHackathon 2008 meeting report論文の執筆（の手伝い）から幕を開けた。直後のGenome Projector論文のリバイスとアクセプト（BMC Bioinformatics)、年後半のChaos Game Representation論文(Source Code for Biology and Medicine)、yvesのPathway Projector論文（PLoS One）、gGCSI論文（BMC Genomics）と、今年は４本の論文を世に出せた。一応今年も余裕でノルマ（年間２本）をクリア。学会はオープンバイオ、BioHackathon、若手の会、ISMB/BOSC、クマムシ学会、ISEPEP3、進化学会、分生、GIW。８〜９月はさすがにちょっと疲れてしまった。クマムシメタボロームの進展と関連で初発表ができたこと、クマムシゲノムの解析が本格的に進んで来たこと、G-language GAEのREST/SOAP化とGenome/Pathway Projectorなどのインタフェースの充実、某大手教科書とのコラボレーション、fairladyの土台固め、march/cubeのアーキテクチャ完成、おまけとしてはg2sの移植が主な成果だろうか。来年こそはfairladyを世に出したいものだ。しかし、研究費はずーっと連敗中。ここをなんとかしないとなぁ。

プライベートでは、日本一周プロジェクトで中国地方と東北地方という二大巨頭を一挙に制覇。本州の最北端、最西端、微妙に手前だったが最東端を押さえた。他にはいつもの河津、水戸・名古屋・紅葉の京都、草津。１０月に大きく体調を崩したり、３月に沖縄で前歯を折ったり。３０代の幕開けはなかなか波乱万丈だ。親友の結婚と、祖父の逝去。週末に仕事をしないリズムも４月から。初夏の遠州灘。少しずつ進んで入るんだけど、準備がまだもう少し。

市民運動では史実を守る映画祭の開催。これはなかなかエフォートを注ぎ込んだ。でも、これだけのイベントを成功させられたことは（当然僕一人の貢献は限られたものだとはいえ）大きな自信にもなった。

振り返ってみると、早く感じる一年の中の個別の出来事がこの一年に含まれていることに時に驚きすらする。

願わくば、来る年に全力で羽ばたけんことを。いや、違う、これは自分の努力でどうにかしないといけないことだから、願ってはいけない。願わくば、皆に幸多き年を。

今年も皆様には大変お世話になりました。来年もどうぞよろしくお願いいたします。

陽炎

by フジファブリック

2009.12.29

 フジファブリックの志村正彦さんが亡くなったらしい。信じられない。僕よりまだ若いのに。こんなに心躍る新しいロックを産み出せる人は他にいなかったのに。相方とフジファのライブ行こうね、って話してたばかりなのに。

生きるってなんだろうね。時間って、なんだろう。全然、わからないよ。わからないよ。

ただ、2009年、大切な人を何人か失ってみて、思い立って行動する大切さは少し分かった気がする。「後で」とか、「次の機会」っていうのは来ないことがあるということ。なくしてしまってからではどうにもならないということを。

Only You (And You Alone)

by Platters

2009.12.24

 久しぶりに本当にどうしようもないバグに数時間ハマって朝までかかって、仮眠をとってから荷物かかえて車を飛ばす。ドタバタではあったけどそれなりには形になったかな：）

ルキンフォー

by Spitz

2009.12.22

 ルキンフォー、するめソングだよなぁ。最初はそんなに印象強くなかったんだけれど、実はこれ、スピッツの中でもかなり名曲だと思う。

さて、スパコン予算復活のニュースが届いているが、酷い。酷過ぎる。引用すると、「40億円の予算を圧縮、さらに文科省予算全体から50億円を削減するという条件付きで227億8,000万円の予算計上が認められた。」とのこと。バルクで50億円ってどういうこと？そこは科研費やCOEや学振から削られるのだろうけれど、これを議論すらまともにできない文科省に任せるのか？いったい何のための事業仕分けなのだ？だいたい復活するスパコンも、「各大学などにあるスパコンをつなげてクラウドコンピューティング環境を構築することで、想定利用者を当初の1,000人程度から2万人程度に増やす計画の見直しも行う。」って、いらんよそんなの。さぁ、これは革命を起こさないといけないレベルの出来事だ。めんどうだしうざいし忙しいけど、永田町めぐりしますか、、、。

科学者のみなさんは慣れていない人が多いと思うので案内。まず、メールよりはFAXの方が議員さんにインパクトを与えます。とにかくまずはFAXを送りまくりましょう。ここで心がこもった文面であると、まともな議員さんであればなんらかのレスポンスをくれる場合もあります。永田町にいける人は、国会会期中であれば議員会館の前で待ち構えて話しかければ話に応じてくれる議員さんはいます。国会会期中でなければ、まずは地元の国会議員事務所・連絡所に書面を持っていきましょう。このテーマだと請願(憲法16条）もありかなぁ。２０人の紹介議員は到底無理としても、委員会提出レベルは集められる気がする。共産党はやはりこの問題でも協力的なようだし。ただ、今回は完全に内閣レベルの判断なので、対象は最初は民主党に絞った方が良さそうです。

民主主義って、それなりに大変なのよねぇ。困っちゃうわ。

ワールド ワールド ワールド

by ASIAN KUNG-FU GENERATION

2009.12.18

 何かが足りない気がしていたのだけれど、それはアジカンだった。やっぱ最高。幸せは上手い醤油がある家さ。

GIWで中尾さんと立ち話をしてからBioHackathonモードになって、Cubeの設計をここ数日考えていた。CubeはMarchとシャーシが共通している、G-language GAEのエントリー向け機能の一つ。一応要素技術を含めて、頭の中での設計は完成。かなり革新的なものができそうでワクワクする。ユーザインタフェース設計とレスポンスでいくつかHackが必要なのも腕が鳴るぜ。僕はセマンティックウェブ業界に足りていないのは「センス」だと思う。そして、「センス」と「スピード」は僕のチームのウリだ。

例によって例のごとく、キツめの週を終えて、風邪をひいた。HPがレッドゾーンに入ると素直にふるまうこの身体、めんどいけれども便利ではある。

21の若手の会による共同声明

2009.12.15

主に若手に関わる科学予算の事業仕分けに対する共同声明を、21の若手の会合同にて発表しました。

なんか最近若手の会がブームっぽいですが、たくさんあるんですねぇ。

いち国民としての事業仕分けに関する考えは既に書いた通りですが、いち科学者としてはこの声明に賛同している通りです。個人的には科学研究費補助金のうち、若手Sの存在が重要だと思っています。これは科研費では数少ない重複申請が可能な枠（申請が通ったときには片方しか当然支給されないが、そもそも他の予算は複数の種目への申請すら不可能）であり、失敗を恐れずチャレンジできる貴重な予算枠でした。若手系の予算はそもそも二回しかとれなかったり、修士も博士も早期終了している僕みたいな若手研究者にはどんどん肩身が狭くなっていっています。科研費の「若手」の定義が３９歳までなので、その全然前の段階で僕は「若手」の予算に申請できなくなるわけです。まぁ、そもそもその「若手」枠もなくなりかねないわけですが。特に生命情報科学のように若い融合領域の学問の場合、その領域を「融合」ととらえず、「あたりまえ」と理解できる世代の存在が不可欠であり、そこに投資しないことにはその分野の未来はないでしょう。

時間と参加人数の関係等で賛同時には敢えて言わなかったが、この共同声明にも足りていない部分やはりある。それはこの共同声明が完全に「ご恩」を嘆願しているものであり、我々若手がどう「奉公」できるのか、という視点がないということだ。おそらくこれは結構大きな弱点で、事業仕分けの時にも多くの仕分け対象の議論で問題になっていたように記憶している。「我が国や人類が将来直面するであろう様々な困難を乗り越えて持続的な発展を遂げるためには」とあるが、非常に曖昧かつともすると荒唐無稽であり、予算縮減により持続的な発展が可能であるかどうかを評価できない。

とはいえ、具体的な提案手段は議論を要するし、なかなか難しいので、僕が回答になると思うもののうち一つをここに記しておく。かなり大雑把かつ乱暴であることは前置きした上で言えば、科学には主に２種類の仕事があり、一つは予期されることを明らかにする仕事で、もう一つは予期されないことを明らかにする仕事であると言えると思う。これも誤解を覚悟の上で言えば（でも夜道で刺さないで＾＾；）、順番に酵素の活性やタンパクの立体構造を決めて行く仕事なんかはいわゆる「ソルジャー」となるポスドクが順番にやっていけばできるだろうと予期できることで（いや、そんなに簡単にいかないのもわかってますよ、刺さないで〜＾＾；）、バイオインフォなんかだとmiRNAが見つかったから網羅的に予測してみるとか（きゃーー）、そういうものは100%の能力の人が100%の仕事をすれば、終わる事が想像ができる。

が、問題は、これが科学が決定的に他の分野と違う部分（まぁこれも一概にそう言えないのも承知の上です）なのだが、今まで知られていないし予期もされていない「発見」をしないといけないというもう一つの方の仕事があるということだ。実際パラダイムシフトを起こしているような研究はそれで、アインシュタインの相対性理論とか、そういう予期できない（これも議論があるのはわかった上で書いています）科学者と、それによる「我が国や人類が将来直面するであろう様々な困難を乗り越えて持続的な発展を遂げるため」の発見を得る為には、裾野が広く、かつ100%の枠に閉じこもらないで120%のチャレンジをできる環境が不可欠であると言える。

長ったらしく書いたが、科学による予期できない「発見」が起きる為には、他の分野のように100%の枠組みを考えるのでは全くだめであり、120%が偶然少数でいいので起こる可能性があるように、裾野を広く、チャレンジできるような仕組みを考えないといけない。そういう意味では、若手が自由に発想・研究できるような科学予算と、少数の優れた若手がチャレンジできる予算（今回削られたのはその双方）が必要であり、そうでなければ予期できるモデル生物やタンパクを代えただけの仕事（きゃーーw）ばかりしかでてこなくなってしまう可能性があるわけだ。

いや、予期できる発見をすることも科学では非常に大事であり、それを軽視しているわけでは全くありません。僕もそういう研究やってないわけじゃないので、みなさん大きな心で読んでいただけると嬉しいです、、、。アメリカンジョークですって。ただし、ウェートとして、科学では予期できない発見も非常に重要であり、どちらかをなくす事はできない、という意見です。

青空

by スガシカオ

2009.12.15

 なんつーか、ほんと怒濤の一週間。生命情報科学若手の会のワークショプがあり、翌日から分生。現在共同研究でやっているクマムシの研究がニュース配信された。んで、週末は映画祭。結局右翼の街宣車が２回言い訳ができるように（？）会場をかすめて通っただけ（一度だけ軍歌を少し流した）で、さすがに万全な準備があるだけあり、全く問題なく大勢のお客様にご来場いただけた。歴史認識・戦争責任関連の運動で、今回のようにエンターテインメントを題材にして、一般の方にも広く興味を持っていただけるようなイベントとして、ここまで安全に行えた例は非常に稀だと思う。間違いなく大成功だと言えるだろう。んで、その翌日からGIW。初日はオープンバイオ研究会もあり。で、その間に論文が一本アクセプトされる。（gGCSIネタ@BMC Genomics）

まぁ、まだGIW/JSBiは終わっていないけれど、さっすがに疲れて来たよ＾＾；

結局、これだけイベントがつまっていて、それぞれにそれなりに責任感ある立場にいると、さすがに全部に万全の状態で臨めない。その中では自分なりに全力を尽くしたけれど、やはり反省も多い。基礎体力と、基礎訓練をもっと付けないといけないなぁ。 

　世界中の涙なんか　ぼくじゃぬぐいきれやしないから
　君がぼくに教えてくれた　小さなコトを大事にしていくつもり
　　by スガシカオ

映画祭 ご来場ありがとうございました！

2009.12.13

おかげさまで900人余りの方にご来場いただき、大盛況の上で映画祭は終了いたしました。ご来場・ご賛同・ご協力いただきました全ての皆様に、深く御礼申し上げます。どうもありがとうございました。 当日の様子をシネマトゥデイが早速記事にしてくださいました。http://www.cinematoday.jp/page/N0021292

南京・史実を守る映画祭 いよいよ明日開催！

2009.12.12

いよいよ明日開催です！当日券にもまだ余裕がありますので、皆様のご来場をお待ちしております！

メディアにも多数とりあげられております！

『なぜか日本で上映されない南京虐殺映画に有志が「南京・史実を守る映画祭」 開催』 （シネマトゥデイ）
http://www.cinematoday.jp/page/N0021144

（Yahoo！） http://www.cinematoday.jp/page/N0021144

（MSN） http://topics.jp.msn.com/entertainment/topics.aspx?topicId=294

（Nifty） http://news.nifty.com/cs/entame/moviedetail/cnmtoday-N0021144/1.htm

（goo） http://movie.goo.ne.jp/contents/news/NFCN0021144/index.html

（共同通信） http://www.47news.jp/CN/200912/CN2009120901000577.html

Falling Down

by Oasis

2009.12.05

 GoogleがIMEとかDNSを公開して何かと話題になっている。相変わらず僕はGoogleどちらかというとあまり好きではないので、early adopterになるつもりはない。

Web 2.0が叫ばれたとき、amazon型の、大量のデータを持つ物が勝つ、という部分をGoogleは体現している。もっと言うと、人工知能研究が下火になり始めた時、優れたルールよりも結局はデータの蓄積が重要だという方向転換が認識され、それを極端に引っ張っているような印象。

さて、どっかで書いたことあるような気もするんだけど、ここで一つ予言をしておこう。本当は自分がヒマだったらやろうと思っていることなんだけど、おそらく時間を作る余裕がないと思うし、そうするとGoogleがいつか公開するだろうと思うから。その予言とは、Googleがそのデータ（主にチャット・メール・トゥウィート系）を駆使して、チューリングテストを突破する人工無能を５年以内に開発するだろう、というもの。あらゆる会話に返答できるだけの会話データの蓄積があれば、あとは人格をある程度カテゴライズすれば十分に可能だと思われる。というか、僕がGoogleのリソースと20%のエフェオートを注ぎ込めば、５年で実現できる自信があります。１つだけちょっとhackというか裏ワザを使う必要があって、きっとそれもGoogleの中の人なら気付くだろうけれど。

というか、その「裏ワザ」の使い方次第ではGoogleの中にいれば２日でチューリングテスト突破できるプログラムを組める自信があります。ただし、その方法は「裏ワザ」すぎて、チューリングテスト失格になる可能性があるけれど。共著に入れてくれればネタ売りますよ♪

人工無能が人工知能らしく振る舞う時、サールの中国語の部屋よりも遥かに皮肉なプレゼンテーションができるだろうな。そこでWiredとかが誇らしげにその記事の中で問いかけるわけだ。「知能っていったいなんなのか考えさせられる」と。

グラン・ヴァンが飲みたいが、しばし葡萄ジュースをリーデルグラスで傾ける。ちょっとストレス溜まり気味だな。